Nouveaux liens entre lipides plasmatiques et maladies, établis via des cohortes à grande échelle

21/07/2021 Par Pr Philippe Chanson

Les lipides plasmatiques, dont le cholestérol total, le LDL-cholestérol, le HDL-cholestérol et les triglycérides (TG), sont facteurs de risque héréditaires de maladie cardiovasculaire athéroscléreuse. Des méta-analyses antérieures, des études basées sur les dossiers de santé électroniques et des biobanques à grande échelle ont identifié des centaines de loci associés aux lipides à l'aide d'études d'association pangénomique. De plus, des études d'association à l'échelle du transcriptome ont identifié plusieurs gènes dont les niveaux d'expression cis ont été impliqués dans les traits lipidiques ainsi que dans toute une série d'autres traits et maladies complexes. Cependant, l'un des défis a été de valider la robustesse des résultats obtenus en utilisant différentes méthodes sur plusieurs cohortes. Une équipe américaine a émis l’hypothèse qu’il était possible d’identifier un ensemble robuste de gènes associés aux lipides en intégrant l'expression génique spécifique aux tissus avec le génotype et en examinant l'étendue de leur réplication dans plusieurs cohortes à grande échelle qui ont adopté différents modèles d'étude. Ils ont conçu un cadre complet en trois phases pour identifier de nouveaux gènes associés aux lipides et étudier les relations entre les lipides, les génotypes, l'expression des gènes et des centaines de maladies humaines complexes à partir des dossiers médicaux électroniques et de la génomique (347 traits) et de la UK Biobank (549 traits). Mis à part 67 nouveaux gènes associés aux lipides avec une forte réplication, ils ont trouvé des preuves de SNP/gènes pléiotropes entre les lipides et les maladies à travers le phénome. Ceux-ci incluent la pléiotropie discordante dans la région HLA entre les lipides et la sclérose en plaques et les voies causales putatives entre les triglycérides et la goutte, entre autres. Ces résultats donnent un aperçu de la base génétique de la relation entre les lipides plasmatiques et les maladies à l'échelle du phénome et peuvent fournir un des éléments intéressants pour les futures stratégies de prévention et de traitement.

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