Que sait-on actuellement du variant Omicron? Les réponses du Conseil scientifique

Le variant (B.1.1.529) du Sars-CoV-2, appelé dorénavant Omicron, a été identifié en Afrique du Sud les 8 ou 9 novembre dernier. Depuis, une augmentation des cas a été constatée dans ce pays. Le séquençage de cette souche a montré, le 23 novembre, « des mutations extrêmement nombreuses [une trentaine] sur différents gènes » a déclaré le Pr Lina qui a confirmé le potentiel d’échappement immunitaire de ce variant, même si « les données robustes pour savoir quel est le niveau d’échappement n’existent pas encore ». Ces mutations concernent le site d’attachement aux récepteurs ou le domaine N terminal, impliqué dans la réponse immunitaire et la protection croisée avec des anticorps. Certaines ont déjà été observées sur d’autres variants.

En outre, le Omicron ne semble malheureusement pas perdre en capacité de transmissibilité, d’infection et de réinfection. Pour le Pr Lina, ce variant pourrait provenir du portage prolongé du virus chez un individu immunodéprimé. Bonne nouvelle : les tests de dépistage, PCR et antigéniques restent efficaces. Et les laboratoires sont à pied d’œuvre pour identifier le plus rapidement possible le variant Omicron. Actuellement 3 PCR de criblage sont réalisés sur tous les prélèvements positif pour détecter des mutations spécifiques: Delta, ainsi que 2 autres mutations d’échappement immunogène. Or le Omicron ne présente aucune de ces mutations (profil a0 b0 c0). Il est donc proposé d’ajouter une 4^ème PCR de criblage qui détecte une délétion au niveau de la protéine Spike qui est retrouvée chez Omicron mais pas sur Delta. Cela permet d’identifier Omicron. Impact sur les traitements préventifs et curatifs Concernant les vaccins, il est probable que leur efficacité soit diminuée, mais on ne sait pas encore dans quelle proportion. Mais en tout état de cause, ce ne sera pas un effet on/off. Les vaccins resteront en partie efficaces. La dose de boost, apportée par la 3^ème (ou 2^ème) dose vaccinale prend alors encore plus de sens, visant à remonter le plus possible les taux d’anticorps de la population. De premières données sur ce sujet devraient être communiqués d’ici 15 jours environ, basées sur des études mettant en contact le variant Omicron et les sérums de personnes vaccinées. On a peu d’élément concernant la gravité du Omicron, constate le Pr Yazdan Yazdanpanah. Il est encore trop tôt pour se prononcer. L’impact sur les différents traitements pourrait être variable. Seuls certains anticorps monoclonaux pourraient rester efficaces. En revanche, il n’y a pas de raison de penser que les antiviraux ne seraient pas efficaces car ils n’agissent pas sur des cibles touchées pas des mutations. Delta contre Omicron ? Les experts soulignent le faible taux de vaccination en Afrique du Sud (environ un quart de la population, et majoritairement avec le vaccin d’AstraZeneca et de Janssen), mais aussi l’incidence de Covid assez faible dans ce pays, au moment où est apparu Omicron. La question pour la France et l’Europe est donc maintenant de savoir comment va se comporter Omicron en présence d’une forte circulation du virus Delta. Omicron arrivera-t-il à supplanter Delta ? Si la stratégie du « Tester alerter protéger » doit être particulièrement active autour du Omicron, ce sont les mêmes outils qui sont utiles contre le Delta et l’Omicron. « Les stratégies ne vont en rien changer » insiste le Pr Arnaud Fontanet. Cependant, « la gestion de la vague Delta est la plus urgente actuellement. Et cela servira pour freiner le Omicron ». « Delta et Omicron, même combat, mêmes outils » renchérit le Pr Delfraissy. Il ajoute que, pour l’avenir, « la réponse doit être européenne, ainsi que dans l’aide que l’on doit apporter aux autres pays en vaccins et en termes scientifiques ».