Cas positifs, séquençage: le variant anglais du Covid sème l'effervescence à l'IHU de Marseille

Devant l'IHU dirigé par le professeur Didier Raoult, comme chaque jour, des Marseillais font la queue lundi pour passer le test PCR qui leur permettra de savoir dans la journée s'ils sont positifs au Covid-19. Sur les 1.000 à 2.000 personnes qui poussent chaque jour les portes de l'Institut depuis le retour des vacances de Noël, 7 à 10% des cas sont de "nouveaux positifs", selon l'IHU. Et si rien ne change dans la technique de prélèvement, en revanche, dans les salles de laboratoire, les blouses blanches sont en effervescence depuis l'identification de plusieurs cas du variant anglais du coronavirus responsable du Covid-19 au sein d'un cluster familial élargi. Annoncée samedi, cette découverte a notamment motivé l'extension du couvre-feu à Marseille et dans les Bouches-du-Rhône. La plupart de ces cas ont été confirmés par la technique du séquençage, tandis que certains autres, dont la charge virale était trop faible, l'ont été grâce à des tests PCR avancés, explique le professeur Pierre-Edouard Fournier, responsable du laboratoire de l'IHU lors d'une visite de presse.

Le séquençage, une méthode grâce à laquelle "aucun doute sur la présence du variant n'est permis", l'IHU le pratique "depuis très longtemps de manière aléatoire", souligne le professeur. Mais depuis vendredi tout s'est accéléré, et son recours est devenu "systématique en cas de suspicion d'une mutation", poursuit le professeur. D'ailleurs, avec cette technique, dix variants ont été identifiés au sein de l'IHU depuis l'apparition du coronavirus. L'avant-dernier, encore "majoritaire" à Marseille, a été "retrouvé en Europe du Nord et pourrait provenir des élevages de visons", soulève le scientifique. Un réactif pour trouver le variant anglais Depuis le début de l'épidémie 2.800 séquençages ont été effectués à l'IHU. Cette technique de pointe consiste à "déterminer de manière très précise, nucléotide par nucléotide, le génome d'un être vivant" afin "d'identifier la mutation (...) spécifique au variant anglais", explique le professeur. Pour y parvenir, les jeunes chercheurs du laboratoire penchés au-dessus d'une "hotte" où ont été apportés les prélèvements des patients aspirent la matière à l'aide d'une pipette qui sera ensuite analysée par ordinateur grâce à un appareil permettant de traiter 96 échantillons à la fois. Un nombre incalculable de lettres et de chiffres correspondant au génome s'affichent alors à l'écran pour être décryptés par des scientifiques. A l'étage du dessous, c'est un microscope à balayage électronique qui est utilisé. Le virus déposé sur des lames est passé au crible afin de comprendre "comment le virus infecte les cellules", parfois heure par heure, explique le Dr Jacques Bou-Khalil, responsable du pôle imagerie. Il faut dire que l'enjeu est de taille, alors que les vaccinations viennent de débuter en France.  "Je crois qu'il faut se faire vacciner, mais je ne sais pas si le vaccin d'aujourd'hui est suffisamment efficace contre ce variant", concède le professeur Fournier. "Ce variant semble plus contagieux", selon l'expérience anglaise, mais "est-ce qu'il est plus sévère? Pour l'instant on n'en a pas l'impression", avance-t-il prudemment. L'arrivée dans les prochains jours d'un réactif permettant dès les prélèvements PCR de déterminer la présence du variant anglais devrait permettre d'augmenter la rapidité des résultats, mais le séquençage se poursuivra, assure-t-il, pour tenter de mieux comprendre le virus qui continue son expansion sur la planète. Depuis son apparition il y a un an, près de 2 millions de personnes sont décédées de l'épidémie de coronavirus dans le monde. La pandémie s'est accélérée dernièrement en raison de mutations plus contagieuses du virus, notamment au Royaume-Uni, qui a franchi le seuil des 80.000 morts.