Les résultats de cette étude ont montré que le Sars-CoV-2 restait détectable dans les poumons des individus entre 6 et 18 mois après l’infection, alors que ce n’était pas le cas dans le sang et les voies aériennes supérieures. Le virus était présent, en particulier, dans les macrophages alvéolaires et gardait sa capacité à se répliquer, constituant ainsi des "réservoirs viraux". "Nous avons été vraiment surpris de retrouver des virus au sein de certaines cellules immunitaires, les macrophages alvéolaires, après une si longue période alors que les tests PCR étaient négatifs", détaille Nicolas Huot, premier auteur de l’étude et chercheur au sein de l’unité VIH, inflammation et persistance à l’Institut Pasteur. Autre résultat, la quantité de virus persistants dans les poumons était plus faible pour la souche Omicron que pour la souche originale du Sars-CoV-2. Les scientifiques ont, par ailleurs, mis en évidence que cette persistance serait liée à un défaut de l’immunité, et plus précisément des cellules NK. Ainsi, chez les individus présentant une quantité importante de virus, on observe une diminution de l’activité des cellules NK, mais aussi une absence de production de cellules NK adaptatives -qui parviennent à s’adapter à l’infection. Reste à savoir si cette persistance virale pourrait avoir un lien avec le Covid long. "Nous allons entamer une étude sur une cohorte de personnes ayant été infectées par Sars-CoV-2 au début de l’épidémie afin de savoir si les réservoirs viraux et les mécanismes identifiés sont en lien avec les cas de covid long. Mais ces résultats sont déjà une étape importante dans la compréhension de la nature des réservoirs viraux et des mécanismes qui régulent la persistance virale", conclut Michaela Müller-Trutwin responsable de l’unité VIH, inflammation et persistance à l’Institut Pasteur.
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