Le séquençage du génome entier est la porte ouverte à la découverte de mutations génétique pouvant, ou non, avoir un impact sur la santé future de l’individu.
La médecine génomique est au cœur de l’innovation. Le séquençage haut débit du génome ouvre, en effet, des perspectives majeures pour comprendre des maladies et découvrir des facteurs de prédisposition et des traitements adaptés. En cancérologie, en particulier, des outils performants sont aujourd’hui déjà disponibles et le seront de plus en plus dans un avenir proche. Un plan ambitieux, France médecine génomique 2025, a été lancé en juin 2016 par Marisol Touraine. Il vise à donner les moyens à la France de se positionner dans cette révolution. Il prévoit en particulier le développement de 12 plateformes de séquençage du génome entier. Les indications d’analyses génétiques, initialement cantonnées à certains cancers et quelques maladies rares sont maintenant de plus en plus nombreuses et de plus en plus larges. En oncologie, le nombre d’analyses a quasiment triplé en 3 ans (11814 analyses en 2012 et 33958 en 2015 ; source INCa), et un objectif de 235 000 analyses est affiché dans le plan pour 2025. Conséquences, ces examens conduisent à découvrir de façon fortuite, des informations génétiques, qui n’ont pas de lien avec la raison médicale initiale de l’analyse. C’est ce que l’on appelle des découvertes secondaires (DS) du séquençage. Une étude récente, présentée au dernier congrès annuel de l'American Society of Clinical Oncology (Asco) met ainsi en évidence que les analyses génétiques à très haut débit de tumeurs, donnent lieu à la découverte de DS dans près de 10% des cas (Asco, juin 2017, sP101). Et de façon plus large, on estime que lors d’un examen génétique large, environ 2 à 4% des recherches débouchent sur ce type de DS (Dosrchner MO. Am J Hum Genet. 2013). Alors que faire de ces informations non pertinentes ? Doit-on systématiquement délivrer au patient ces résultats qui permettent parfois de prédire l’apparition d’une maladie grave et d’avoir une action médicale préventive reconnue ? Sous quelle forme ? Cela ne risque-t-il pas de déclencher une atteinte à l’intimité du sujet ou une anxiété non justifiée ? De l’autre côté, le risque de "non assistance à personne en danger" se pose. "Il s’agit d’une question médicale, mais aussi d’éthique et de société", souligne la Société Française de Médecine Prédictive et Personnalisée (Sfmpp), qui évalue le bénéfice médical des tests génétiques, et qui vient de se réunir à l’occasion de son 3ème congrès à Montpellier (22-23 juin 2017). Des recommandations de bonnes pratiques Cette société savante a souhaité mener une réflexion transversale sur ce sujet majeur. Pour cela, elle a mis en place un groupe de travail, incluant des généticiens, des spécialiste de l’éthique médicale, des psychologues des associations de patients et des juristes. Des recommandations ont été formulées à la suite de ce travail. Elles ont été présentées à Montpellier. Jusqu’à présent, en effet, il n’existait aucun consensus sur le sujet, et les pratiques concernant le retour d’informations au patient étaient laissées à l’appréciation des équipes. Les études disponibles montrent par exemple que, en Europe, 55% des médecins ne rapportent pas les DS, alors que 45% le font (Hehir-Kwa JY, Eur J Hum Genet. 2016). Et selon une étude internationale, 61 % des laboratoires rendent les DS, et environ 15% recherchent activement ces DS sur les gènes actionnables, c’est-à-dire sur lesquels il existe des actions médicales possibles (Vears F, Hum Mutat. 2017). Ainsi, la Sfmpp s’est appuyée sur un groupe de 47 experts venus d’horizons très différents. 73 gènes ont été passés en revus. L’évaluation a porté sur les critères de risque associé à ces gènes, ainsi que l’actionnabilité, ainsi que le niveau de preuve. Une liste de 29 gènes dits "actionnables" Les experts dressent ainsi une liste de gène de découvertes secondaires qui doivent donner lieu à un retour d’information au patient, tout en soulignant que ce dernier doit auparavant avoir donné son consentement éclairé spécifique, le patient étant libre de savoir ou de ne pas savoir. Ces gènes sont ceux dits "actionnables". Ils sont au nombre de 29. Ils comprennent par exemple les gènes Brca1 et 2. Pour la Sfmpp, le consentement éclairé doit être renforcé au maximum. Il doit donc être effectué par un professionnel de santé qualifié en génétique médicale. Un premier recueil doit être établi au moment du test, précisant le souhait de connaitre ou non les DS pertinentes, en mentionnant la dimension familiale des tests. Puis, un deuxième consentement doit avoir lieu lors de la remise du résultat de l’analyse. En outre, cette démarche doit être accompagné de supports d’information à créer. La Sfmpp recommande enfin que "la révision des recommandations sur les DS soit effectuée périodiquement afin de : mettre à jour la liste des gènes en fonction de l’évolution des connaissances sur les risques associés et l’actionnabilité ; de statuer sur la problématique de l’enfant qui n’est pas abordé dans les présentes recommandations ; de dresser la liste des gènes actionnables en dehors de la thématique de cancérologie; et d’aborder spécifiquement le problème des variants de signification inconnus".
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